Ada dua kelompok faktor resiko/penyebab stunting sebagai indikasi masalah gizi kronis:
- Penyebab langsung: yaitu kurangnya asupan makanan bergizi dan infeksi berulang dalam jangka waktu tertentu (kronis).
- Penyebab tidak langsung: terdiri dari berbagai faktor yang mempengaruhi terjadinya penyebab langsung dari stunting akibat masalah gizi kronis. Faktor-faktor tersebut antara lain terkait masalah akses terhadap makanan bergizi, pola asuh yang kurang optimal, kurangnya akses terhadap layanan kesehatan, praktik hygiene, atau masalah kesehatan lingkungan yang mempengaruhi akses ke air bersih dan sanitasi (lingkungan). Penyebab tidak langsung ini dipengaruhi oleh berbagai faktor lain yang mendasar seperti faktor ekonomi, perdagangan, urbanisasi, globalisasi, sistem pangan, jaminan sosial, sistem kesehatan, pembangunan pertanian, dan/atau pemberdayaan perempuan.